系統具有自動控制、手動控制和機械應急操作三種控制啟動方式。
1自動控制方式:
當防護區長期無人值班或很少有人出入時，應將火災報警控制器上的控制方式選擇鍵置于“自動”位置，同時將防護區門外的手動自動轉換開關置于“自動”狀態。此時控制系統處于自動工作狀態，當防護區發生火災時，氣體滅火系統自動完成防護區內的火災報測、報警聯動控制及噴氣滅火整個過程。防護區內的單一探測回路探測火災信號后，控制盤啟動設在該防護區內的警鈴。同時向FAS系統提供火災預報警信號。同一防護區內的兩個回路都探測到火災信號后，控制盤啟動設在該防護區域內外的聲光報警器，經過30秒延時后，火災報警控制器輸出24V直流電，啟動滅火系統。滅火劑經管網釋放到防護區，控制面板噴放指示燈亮，同時報警控制器接收壓力訊號器反饋信號，開啟防護區內門燈，避免人員進入，直至確認火災已經撲滅。
設置于防護區門外的手動自動轉換開關應具有較強的抗沖擊能力，且應采取有效防止誤操作的措施。在系統處于自動工作狀態下，當報警系統誤報警進入延時時間時，手動自動轉換開關應能停止系統噴放滅火藥劑。
2手動控制方式
當防護區經常有人工作時且有人值班的情況下，為了防止系統誤動作，應將火災報警控制器上的控制方式選擇鍵置于“手動”位置，并將防護區門外的手動自動轉換開關置于“手動”狀態。此時系統處于手動控制狀態。當防護區發生火災時，火災探測器將探測到的火災信號輸送給控制器，控制器立即發出聲、光報警信號，同時發出聯動信號，但不會輸出啟動滅火系統信號，此時需要經值班人員確認火災后，按下控制器上相對應防護區的緊急啟動按鈕，即可按預先設定的程序啟動滅火系統，釋放七氟丙烷氣體進行滅火。這種手動控制，實際上還是通過電氣方式的手動控制。手動啟動后，系統將不經過延時而被直接啟動，釋放滅火劑。
3應急機械手動控制方式
在發現火災后，系統自動、手動兩種啟動方式均失靈的情況下，可在儲瓶間內實行應急機械手動控制方式，人為開啟啟動裝置，進行滅火。應急機械手動操作實際上是機械方式的操作，此時可通過操作設在鋼瓶間的氣體鋼瓶瓶頭閥上的手動按鈕來開啟整個氣體滅火系統。手動按鈕上應掛有明顯防護標志，防止人員誤操作。